La débâcle que créa la défaite du colonel Quaritch lors de l’affrontement entre les forces de la race humaine et l’armée de na’vi de Jake Sully, fut énormément de dégâts. Les forces encore en vie de l’ancienne armée privée de la RDA s’éparpillèrent sur la planète, cherchant refuge dans les bases encore debout. Alors que Jake pensait avoir réussi à renvoyé définitivement les hommes sur Terre, quelques mois plus tard, après cinq années de voyage en congélation, un nouveau groupe de plus de 1200 hommes, suivit de quelques jours par une autre VIS Venture Star (navette) arriva en orbite autour de la planète Pandora. Ils n’avaient pas étés mis au courant de l’échec de Quaritch.
Une fois sur place, ils réintégrèrent la base principale l’Enfer, qui était intacte, étant donné qu’elle n’avait pas été touchée lors de la bataille.
Le nouveau chef militaire de la RDA, dans un objectif d’éviter les erreurs commises dans le passé, fit en sorte de limiter toutes actions sur Pandora, en dehors des limites de l’Enfer. Ainsi, il permettait aux humains de tout réorganiser sans que les na’vi soient au courant et ne viennent les embêter.
Le programme Avatar, jusqu'alors sous juridiction des scientifiques civils, devint propriété des forces armées de la RDA, dont l'état major ordonna la suspension jusqu'à nouvel ordre.
Bien que cette nouvelle colonie semblait s'installer sans problème, la nouvelle administration civile et militaire n’avait en aucun cas prévu un nouveau fléau.

Lors de l’évacuation organisée par Jake Sully des forces humaines, il n’avait pas prévu qu’il restait encore des militaires. Ces derniers se sont regroupés sous le nom de la Confrérie des Pandoriens, s’appropriant ainsi la légitimité de leur présence sur la planète aux peuples et races issu de la planète. Leur seules actions sont de détruire les na’vi, où en tuer un maximum. Ils s’opposent aussi aux forces humaines nouvellement venues, les désignant comme faible, et dont les commandements respectifs ont réprouvés la faction adverse.

Les différents clans na'vi connaissent de nouveau la paix, sérénité, et le bonheur. Après la bataille contre les forces humaines, chacun est retourné chez lui, dans l'objectif de bander et soigner les blessures et de reconstruire ce qui a été détruit par des années de présence humaine sur la planète.
La reconstruction de Pandora était en cours, les Na'vis de toute part ainsi que les animaux vivaient en autarcie, avec Jake Sully, le prétendant chef des Omaticaya. Jamais il n'aurait pu se douter de quoi que ce soit, et d'imaginer le nouveau fléau de Pandora.

L'appel du Toruk Makto semble renaitre dans les profondeurs de Pandora ...